高中生偵探工藤新一與毛利蘭在熱帶樂園約會時，意外發現行動詭異的黑衣男子——琴酒等人，新一便發揮他的偵探精神獨自跟蹤他們，沒想到竟被灌下神秘毒藥“APTX4869”。醒來的新一發現自己居然變成小孩子的模樣……。

　　查覺到自己可能捲入危機，他化名為“江戶川柯南”，一邊寄住在小蘭家中，技巧性的利用過氣偵探毛利小五郎偵破許多案件，並一直尋找著黑衣人的蹤跡，希望有朝一日將其繩之以法，並變回原來的樣子，一篇篇故事就這樣展開......