安東尼奧・泰勒手上握有機密情報而遭武裝集團綁架，為此美國總統專屬特務・里昂前往追查，卻不巧遇到神祕女子妨礙，讓犯人得以逃逸。
另一方面，反生化武器組織「BSAA」的克里斯、吉兒以及擔任顧問的蕾貝卡，正針對舊金山一帶所發生感染源不明的殭屍疫情進行探查。
在克蕾兒所屬的組織協力調查之下，發現了病毒確診者全員都曾到訪某處，曾經是刑務所的監獄島・阿爾卡特拉斯……為了調查真相，克里斯一行人搭乘渡輪出發前往監獄島。