土井老師接受與黃昏時城忍者諸泉尊奈門的決鬥後下落不明，聽聞此事的山田老師和六年級生們隨即展開搜尋。然而，因土井老師的缺席，一年葉組竟找來黃昏時城忍者隊首領─雜渡昆奈門和諸泉尊奈門來擔任代課老師！讓這群忍蛋們狀況百出。

在一片混亂的局勢中，霧丸無意間發現土井老師的所在線索。同一時間，在六年級生的搜尋行動時，黃昏時城忍者隊中的冷酷軍師─天鬼突如其來現身，令人震驚的是，天鬼的長相竟與土井老師如出一轍！強敵在前，忍蛋們必須展現強大的「羈絆」，才能克服這場前所未有的考驗。亂太郎、霧丸和新兵衛能否成功救回土井老師？