《劇場版 忍者亂太郎 毒竹忍者隊最強之軍師》的故事，圍繞著土井老師在接受黃昏時忍者諸泉尊奈門的挑戰後失蹤，讓忍術學園的山田老師、六年級生和亂太郎、霧丸，新兵衛四處奔走全面搜尋而展開。

本作不僅保留了《忍者亂太郎》一貫的幽默風格，個性鮮明的人物，關於日本戰國時代的小知識，以及巧妙融入忍者對決的精采動作戲，將略為嚴肅的主題以適合闔家觀看的方式呈現，不但引發了成人的共鳴，也讓孩子們可以輕鬆理解並投入其中。

動畫版展現出的新魅力不分年齡層深獲觀眾喜愛，也有感而發地紛紛表示「很懷念！同時也有截然不同的感受，絕對是跨越世代，充滿趣味的佳作」、「故事簡單易懂，搞笑元素也十分有趣，更有大銀幕獨有的動作場面，豪華的聲優陣容加持，一切都恰到好處」、「有幾個情節讓我差點落淚，心靈覺得很療癒。沒想到『忍者亂太郎』竟然是這麼美好的世界。」

滿滿好口碑，作者尼子騷兵衛也說導演藤森雅也細膩呈現土井老師和霧丸深厚的美好羈絆，他們之間的默契和關愛，無須言語也藉由許多細節表現得淋漓盡致，都讓人勾起純真的感動。