2118年，人類受到「希貝兒先知系統」全面監控心理狀態指數，以防止犯罪案件發生的日本近未來。在第二期事件結束的數年後，神奈川縣海域發生了一起神秘恐怖分子襲擊運輸船事件，公安局刑事課常守朱奉命前去調查，在船上遇到了之前遭通緝而逃離日本的前搭檔狡嚙慎也。遭竊的斯特龍斯卡婭文書因足以撼動「希貝兒先知系統」地位，公安局刑事課奉命追查案件找回文書。