故事敘述一個幾乎放棄自己未來的年輕人：直井玲斗，因為與前公司的嚴重糾紛，遭到警方逮捕，沒有背景也沒有任何親友可依靠的他，本以為躲不過這場牢獄之災，想不到一名帶著神秘委託前來的律師保釋了他，唯一的條件是：獲釋後完全依照委託人的命令行事。很快地，律師擺平了玲斗的官司並帶領他與神秘的委託人見面，這人竟是已逝母親的同父異母姊姊：千舟阿姨；阿姨指定要他成為一間神社的管理者，守護一株被稱為「祈念之樹」的巨大神木。這份看似平凡無奇的工作，卻因為神木的傳說深植人心，讓許多心中懷著秘密的人到此向神木「祈念」，也有人千方百計想要偷窺某些「秘密」，而玲斗也在無意間窺見家族的過去與祈念之樹之間的關聯……