西元1923年，身處世界大戰陰影下的德國慕尼黑，哥哥愛德華焦急尋找回到鍊金術世界的方法。而弟弟阿爾馮斯則留在原本的世界，努力找出哥哥的下落。被拆散於兩個平行世界的兄弟倆，各自為了重逢奔走。
此時，一個狂熱組織「杜利協會」出現在愛德華眼前——他們企圖結合超自然現象與科學，開啟通往傳說國度「香巴拉」之路。當兩個世界因此連結，鍊金術世界卻也將面臨空前危機……
愛力克兄弟能否突破命運的阻隔，再度相會？
當兩人擊掌的那一刻，就是全新真相鍊成之時！