導演古賀豪根據水木茂的兒時經驗進行創作，並分享：「水木老師小時候，就被寺廟裡的地獄圖深深吸引、百看不厭，粉絲們應該和老師具有相同的感受力，所以這次特地為觀眾創作這部真實而極致的地獄級恐怖作品。」

《鬼太郎誕生：咯咯咯之謎》更請來《新世紀福音戰士新劇版：終》副導演谷田部透湖，來擔任角色設計和總作畫導演。談到能夠參與本作，她感動地表示：「當我還是學生時，在未來指導會談中，我曾回答：『想參與水木茂的動畫！《鬼太郎》大約每10年會重新推出一次，如果我能成為動畫師，或許就有機會可以參與其中。』我記得我的導師，當時還甚至對此感到困惑。如今能夠擔任這個職位，讓我深受感動！」

製作期間，谷田部更受到導演邀請，共同參與劇本會議，並在會議中現場繪畫，並提出許多角色性格的想法，讓作品方向更加明確。她也向觀眾喊話：「我們認真對待每部作品，用心去畫；我認為電影首先應該具備娛樂性，但在讓人感受到興奮的同時，相信背後還充滿各種情感與想法，我希望觀賞的人們都能有同樣的感受。」

本片劇情描述昭和31年（西元1956年），暗中掌控日本政商界的龍賀一族支配著哭倉村。在血液銀行工作的水木（木內秀信配音），為龍賀一族的當家「時貞」（白鳥哲配音）的死去進行弔唁。此時，鬼太郎的父親（關俊彥配音）為了尋找失蹤的妻子，也來到了這個村子。

就在龍賀一族為了繼承時貞的遺產而展開醜陋鬥爭時，一名家庭成員卻在村莊的神社裡慘遭殺害。緊接著，一連串恐怖離奇的連鎖事件也相繼展開。在壓倒性的絕望當中，鬼太郎的父親與水木的命運也即將產生轉變…。這部已經在日本賣破20億超高票房的《鬼太郎誕生：咯咯咯之謎》，即將在2月7日於台灣隆重獻映。