《劇場版 忍者亂太郎 毒竹忍者隊最強之軍師》的故事描述土井老師在與黃昏時忍者諸泉尊奈門對決後下落不明，山田老師和六年級生們隨即展開搜尋。因土井老師失蹤，校長竟是找來黃昏時軍首領─雜渡昆奈門和諸泉尊奈門來擔任一年葉組的代課老師，讓這群忍蛋們狀況百出。

同時，忍術學園的死對頭毒竹城私底下蠢蠢欲動，準備對周圍領地開戰，局勢陷入混亂。霧丸打工時發現土井老師的所在線索，而毒竹忍者隊中的冷酷天才軍師「天鬼」也在此時突如其來現身，令人震驚的是，天鬼的長相竟與土井老師完全一樣！

面對強敵，忍蛋們必須團結一致，發揮彼此間的深厚羈絆，才能克服這場前所未有的考驗。亂太郎、霧丸、新兵衛究竟能不能成功把土井老師找回來？

《劇場版 忍者亂太郎 毒竹忍者隊最強之軍師》將於1月29日農曆賀歲檔上映，與你在戲院不見不散！