日本史上最受歡迎的推理電視劇《相棒Partners》搬上大銀幕。一連串的殺人事件發生，東京都警視廳特命課的杉下右京（水谷豐 飾）與亀山薰（寺脇康文 飾）兩人試著從嫌犯運用的神秘記號中尋找破案的蛛絲馬跡，右京認為這是一連串有計劃的記號與西洋棋有關。因此右京和身分不名的嫌犯下西洋棋，赫然從棋盤中發現東京都馬拉松大賽的路線圖，驚覺原來嫌犯目標是參加東京都馬拉松大賽的3萬名跑者和15萬名群眾。究竟握有此案關鍵的謎樣關鍵者背後真相為何?嫌犯的真正動機又是什麼?右京和薰能阻止這個殘酷的謀殺行動嗎？