【魔法少女奈葉Detonation】故事緊接在【魔法少女奈葉Reflection】之後，以壞滅的星球（埃爾特利亞）為故事起點，描述居住在該星球上面的科學家女兒琦莉耶，為了拯救病危的父親以及星球再生的契機，逐奔向遙遠的異世界--地球，去尋求「永遠結晶」的存在，雖然姊姊阿米蒂埃曾試圖阻止她，但琦莉耶仍與好友伊莉絲堅持前往，進而與奈葉等人相遇，這份相遇、將關連到兩個世界以及星球的命運之戰緊緊聯繫再一起…..? 究竟與琦莉耶有著怎樣的因緣？埃爾特里亞星球與地球未來的命運又將如何？