故事始於1908年。才華橫溢的女學生格蕾特（露娜維德勒 飾）帶著科學熱忱，在那個科學界由男性主導的年代，她試圖衝破性別枷鎖，透過植物攝影發現銀杏樹隱藏在微觀自然中的神聖規律。這棵銀杏樹也見證了女性與科學的覺醒。

時光流轉來到1972年，銀杏樹更加壯碩。性格孤僻的學生漢內斯（恩佐布魯姆 飾），為了愛情去照料一盆天竺葵，開始察覺植物也有其獨特的感知能力。這份對植物的感知與連結，除撫慰了他的孤獨，更改變了他對世界與自我關係的看法。

時序進入2020年，全球因疫情變得寂靜。神經科學家王教授（梁朝偉 飾）被困在空無一人的馬爾堡大學校園，與古老的銀杏樹產生了靈魂的共鳴。他在植物學家愛麗絲（蕾雅瑟杜 飾）啟發下，開始一場結合生命科學與植物感知的實驗，發現百年前格蕾特的女性影像與漢內斯對生命的感知，都如同年輪般、封存在這棵樹的記憶裡。 三個不同時代的孤獨靈魂，在銀杏樹的葉落與光影中，完成一場跨時空交匯。他們在大自然的見證下，被大自然靜謐、永恆且神祕的力量所改變，進而省思了生命的意涵。