18世紀天主教耶穌會修士深入南美叢林向當地原住民瓜拉尼人（Guaraní）傳教。門多薩(勞勃狄尼洛飾)是西班牙殖民地的傭兵，他發現自己的弟弟與未婚妻的不倫戀後手刃了弟弟，他雖免於死罪卻愧對良心，在耶穌會修士加布里埃爾(傑瑞米艾朗飾)勸說下，門多薩跟隨修士前往他們傳教的地方，友善的瓜拉尼人感動了門多薩，他便在修士加布里埃爾與菲爾丁(連恩尼遜飾)的見證下成爲了一名耶穌會修士。隨著西葡馬德里條約生效，傳教地被移轉給葡萄牙殖民，葡萄牙人認為耶穌會所建立的平等社會有礙於奴隸制，因而展開一場浴血之戰。