「君主計畫」這個神祕組織的名號首現於2014年的【哥吉拉】，之後陸續又在2017年的【金剛：骷髏島】與2019年的【哥吉拉II怪獸之王】出現。根據Godzilla fandom網站，這個由幾個政府聯合成立於1946年的神祕組織，主要成立目的是為了捕捉、獵殺與研究巨型不明地球生物（massive unidentified terrestrial organisms，簡稱MUTOs）。君主計畫第一隻研究的對象是一隻名叫「Shinomura」的放射性寄生殖民怪獸，這隻怪獸首現於2014年的繪本小說《哥吉拉：覺醒》（Godzilla: Awakening）。

　當時，君主計畫的成員－芹澤因為目擊者「一隻走起路來像個男人的巨型蜥蜴」的說法而深受吸引，因此開始在太平洋各個島嶼間追蹤起「Shinomura」，後來這隻不明怪獸被取名為「Gojira」。1954年，君主計畫與美國陸軍將哥吉拉與Shinomura誘至比基尼環礁，一開始認為兩隻怪獸都死於一場核彈試爆之中，不過後來證實哥吉拉逃過一劫倖存下來。

　幾十年過去，1981年芹澤告訴兒子豬四郎自己的親身經歷，並且深信哥吉拉至今依然存活於某處。在父親過世後，豬四郎被父親的前同僚、同時也是君主計畫的代表－蕭－網羅，克紹箕裘加入君主計畫。