史詩經典電影《教會》在拍攝期間幾乎全劇組都為瘧疾所苦，唯獨奧斯卡影帝勞勃狄尼洛倖免於病，而導演羅蘭約菲更爆料勞勃狄尼洛在片中背負行囊赤腳爬瀑布與叢林的戲通通是真槍實彈演出，他說：「勞勃狄尼洛在岩壁和叢林中攀爬，這些戲我們都必須非常謹慎小心，不只是地形環境危險，一不注意就可能會踩過一窩毒蛇或毒蠍，這都是潛在危機。」

儘管勞勃狄尼洛拍到渾身泥濘，依然主動要求加拍嘗試各種不同的聲音，不同的表演方式，每一個鏡頭都能帶來完全不同的戲劇效果，讓導演羅蘭約菲忍不住讚賞：「他豐富的表演能力是劇組最大的禮物！」

此外，《教會》的主要的外景地點印地安村落與木教堂取景，竟是挑在毒品交易的主要幹道上，但劇組太晚得知消息來不及更換地點，於是整個拍攝過程都必須由哥倫比亞武裝部隊隨時巡邏保護，導演羅蘭約菲形容：「每天都像是無政府狀態一樣。」劇組甚至有了潛規則，要在每週五特定的時間點撤走所有人，直到週一才能返回拍攝，所幸直到殺青都未與毒梟起衝突。

18世紀天主教耶穌會修士深入南美叢林向當地原住民瓜拉尼人（Guaraní）傳教。曼多薩(勞勃狄尼洛飾)是西班牙殖民地的傭兵，他發現自己的弟弟與未婚妻的不倫戀後手刃了弟弟，他雖免於死罪卻愧對良心，在耶穌會修士加百列(傑瑞米艾朗飾)勸說下，曼多薩跟隨修士前往他們傳教的地方，友善的瓜拉尼人感動了曼多薩，他便在修士加百列與約翰(連恩尼遜飾)的見證下成爲了一名耶穌會修士。隨著西葡馬德里條約生效，傳教地被移轉給葡萄牙殖民，葡萄牙人認為耶穌會所建立的平等社會有礙於奴隸制，因而展開一場浴血之戰。